12. mail 2005 allkirjastas Tartu Ülikooli Kliinikum hoonete projekteerimise lepingu riigihanke käigus parima pakkumise teinud konsortsiumiga, kuhu kuuluvad Arhitektuuribüroo Kalle Rõõmus ja inseneribüroo EstKONSULT. Projekteerimistööde riigihanke maksumuseks kujunes 29,8 miljonit krooni. Projekteerimistööde pikkuseks oli ette nähtud kuni 13 kuud. Ehituseni planeeriti  jõuda 2006. aasta sügisel. Sellele eelnes rahvusvaheline riigihange ehitaja leidmiseks. Maarjamõisa meditsiinilinnaku I ehitusjärk valmis 2008. aasta lõpuks.

Esimene ehitusjärjekord koosseisu kuulus uus 3-korruseline L-tähe kujuline G-korpus, millele liitus 6-korruseline palatikorpus (H korpus). Juurdeehituse G-korpuse esimesele korrusele on /-/erakorralise meditsiini osakond, radioloogiateenistus ning naistekliiniku ambulatoorne vastuvõtt koos reproduktiivmeditsiini laboratooriumiga. Korpuse teisel korrusel on intensiivravi osakonnad ning naistekliiniku sünnitustoad ja sünnituseelne palatiosakond. Kolmandal korrusel on operatsiooniplokk ja naistekliiniku sünnitusjärgne palatiosakond, millel on hea vertikaalühendus sünnitusosakonnaga. Soklikorrusel, kus ehitatakse välja uus kesksterilisatsiooni osakond, leiavad koha ka uutes korpustes töötava personali garderoobid ning muud hädatarvilikud abiruumid.

Esimeses ehitusjärjekorras ehitatava palatikorpuse (H-korpus) kuuele korrusele paigutatakse, närvikliiniku, ortopeedia ning hematoloogia-onkoloogiakliiniku hematoloogia ja onkokirurgia osakonna palatid.

Kliinikum rakendab eesmärkide parema elluviimise huvides kahetasandilist projektijuhtimist. Esmatasandi moodustavad Kliinikumi töötajad. Kuna projekt on oma olemuselt väga spetsiifiline, siis on vajadus kaasata juhtimisel kvalifitseeritud konsultatsioonifirmade kompetentsi. Projektijuhtimise meeskonna teise tasandi moodustavad omanikujärelvalvet ja ehituslikku projektijuhtimist teostavad spetsialistid, riigihangete ettevalmistamise eest vastutavad hankespetsialistid, aruandluse ja administratiivtoimingute eest vastutab EL projektijuht.