Основанный в 1804 году Клиникум Тартуского университета является единственной в Эстонии университетской больницей. С Клиникумом, насчитывающим более чем 200-летнюю историю, связаны многие мировые имена в медицине, среди которых особого внимания заслуживают основоположник военно-полевой хирургии и топографической анатомии Николай Пирогов, а также основоположник нейрохирургии Людвиг Пуусепп. Оба ученых являют собой яркий пример тесного сотрудничества в разных областях медицины, продолжавшегося между Санкт-Петербургом и Тарту на протяжении сотен лет.

Клиникум является больницей высочайшего уровня, где применяются новейшие методы лечения. Он представляет собой единственное в Эстонии медицинское учреждение, в котором проводятся операции по трансплантации почек, аллогенного костного мозга, печени и легких.

Миссия Клиникума заключается в том, чтобы за счет высокоуровневой интегрированной лечебной, учебной и научной работы обеспечивать жизнеспособность и развитие эстонской медицины.

В Клиникуме проводится более 420 000 амбулаторных визитов в год. За год в Клиникуме проходят стационарное лечение около 45 000 пациентов. Каждый пятый ребенок в Эстонии рождается именно здесь.

В Клиникум входит 17 клиник, 10 из которых хирургического профиля. В стационаре ежегодно оперируется около 20 000 больных.

Неотъемлемой частью повседневной работы является обучение студентов, резидентов и врачей, проходящих дополнительное обучение. Врачи клиникума высоко ценятся как среди студентов, так и среди врачей других больниц страны. Учебная работа сопровождается постоянным самосовершенствованием, развивающей и научной работой, что создает предпосылки для того, чтобы оставаться ведущим научным медицинским учреждением и главным профессиональным центром обучения в Эстонии.

В 2008 году были открыты новые лечебные корпусы Клиникума, где находятся одни из современнейших в Европе палаты интенсивной терапии, операционное отделение, женская клиника и клиника радиологии. 
В 2015 году были открыты новые лечебные корпусы Клиникума – корпусы J, K и L. В К-корпусе создан современный центр онкологического лечения. А в корпусе L находится клиникa внутренних болезней. В корпусе J находится глазнaя клиникa, и кардиохирургия и современный центр эндоскопии.