Geneetika ja personaalmeditsiini kliinik, laboratoorse geneetika osakond, molekulaardiagnostika labor, tel. 731 9487, 731 9488
www.kliinikum.ee/geneetika
Mikrosatelliidid (MS) on genoomis esinevad nukleotiidsed kordused, mille täpne funktsioon on teadmata. MS pikkused varieeruvad populatsiooniti, kuid inimese eluea jooksul need ei muutu. Mikrosatelliitide pikkuse muutumine ehk mikrosatelliitide ebastabiilsus (microsatellite instability – MSI) on seotud mutatsioonidega DNA reparatsioonisüsteemi (mismatch repair genes – MMR) geenides. MSI ise ei põhjusta rakkude pahaloomuliseks muutumist, kuid võib viidata vigadele MMR geenides, eelkõige MLH1, MSH2, MSH6 ja PMS2geenis. Vead nendes geenides suurendavad omakorda kolorektaalvähki ja ka teistesse pahaloomulistesse kasvajatesse haigestumise riski.
MSI põhjus võib olla nii sporaadiline kui ka pärilik. Kõrge MSI (MSI-H) leitakse ligikaudu 15% kõikidest kolorektaalvähkidest. Neist 3% on seotud Lynchi sündroomiga, ülejäänud 12%-l võivad esineda muud sporaadilised kasvajad.
Uuritav muutus
Analüüs tuvastab muutused seitsmes homopolümeerses MSI lookuses (ACVR2A, BTBD7, DIDO1, MRE11, RYR3, SEC31A ja SULF2). Need biomarkerid on kasvajaspetsiifilised ning nende esinemissagedus kolorektaalvähi puhul on stabiilne erinevate etniliste gruppide lõikes, tagades seeläbi analüüsi kõrge spetsiifilisuse.
Uuritav materjal, selle võtmine, saatmine ja säilitamine
Analüüsi tellimisel tuleb sisestada e-tellimus ja materjalivõtjaks määrata „Maarjamõisa patoloogia“.
Katsuti | Fikseeritud koetükid: 3 steriilset 1,5 mL katsutit | |
Analüüsitav kogus | Fikseeritud koelõigud: soovitavalt kahest erinevast paikmest, 6–10 värskelt lõigatud 10 mm paksust koelõiku, neist 2–3 lõiku ühes 1,5 mL katsutis, kasvajakudet peaks materjalis olema ≥ 20% | |
Säilivus | Fikseeritud koelõigud: peale parafiinplokist lõikude tegemist 3–5 ööpäeva. Peale lõikude tegemist hoida +4 °C. Laborisse võib saata toatemperatuuril. |
Analüüsi tegemise aeg: tööpäeviti, analüüsi valmimisaeg 3 päeva alates laborisse saabumise kuupäevast.
Analüüsimeetod: kvantitatiivne PCR analüüs analüsaatoril IdyllaTM (Biocartis)
Vastuse vorm
Mikrosatelliitide staatus ja interpretatsioon
Näidustus
Immuunravi määramiseks.
MSI staatust on soovitav hinnata kõigil kolorektaal- või endomeetriumi vähiga patsientidel võimaliku Lynchi sündroomi tuvastamiseks. Samuti on MSI-H selektiivne marker immunoteraapiaks.
Koostaja: Hanno Roomere
Koostatud 28.03.2023