Kuna paljud geneetilised haigused on geneetiliselt heterogeensed (võivad olla põhjustatud väga paljude erinevate geenide muutustest) või mittespetsiifilise sümptomaatikaga, võivad spetsiifilised ühe geeni või geenipaneeli analüüsid osutuda ebaotstarbekaks. Samuti esineb juhtumeid, kus päriliku haiguse kahtlusega patsiendil ei ole spetsiifilised geenitestid andnud diagnostilist vastust. Selliste haiguste puhul on võimalik geneetilise analüüsina teostada kogu genoomi sekveneerimine ehk kogu DNA järjestamine.
Analüüsi saab teostada kas ainult patsiendile või korraga patsiendile ja tema vanematele (trio genoomi sekveneerimine). Trio-analüüs võimaldab efektiivsemalt leida haiguse põhjusi eelkõige vaimse arengu mahajäämuse, autismi ja teiste haigusgruppide puhul, kus põhjuslike tegurite hulgas on suur uusmutatsioonide (de novo mutatsioonide) osakaal. Vastavalt kehtivale tervishoiuteenuste loetelule saab kogu genoomi sekveneerimist diagnostilise uuringuna teha ebaselge etioloogiaga haiguste ja sündroomide puhul. On nõutud, et uuringu otsuse on teinud ekspertkomisjon, kuhu kuuluvad raviarst ja meditsiinigeneetik. Ekspertkomisjoni otsuse vorm on leitav geneetika ja personaalmeditsiini kliiniku kodulehelt genoomi sekveneerimise saatelehtede juurest.
Genoomi sekveneerimise (ingl k whole genome sequencing, WGS) diagnostiline tundlikkus kliinilises geneetikas on tänapäeval keskmiselt 30–40% (PMID: 40022598), sõltudes patsiendirühmast, fenotüübi keerukusest ja kasutatavast analüüsistrateegiast. See tähendab, et diagnoos leitakse ligikaudu kolmandikul patsientidest. WGS võimaldab tuvastada punktmutatsioone ning väikeseid insertsioone ja deletsioone (indeleid), tavaliselt kuni mõnekümne aluspaari ulatuses. Suuremate indelite ning eksonite või tervete geenide deletsioonide ja duplikatsioonide tuvastamise sensitiivsus on madalam. Lisaks võib WGS anda vihjeid ka suuremate struktuursete muutuste kohta, näiteks kromosomaalsete aberratsioonide (trisoomiad, translokatsioonid), üksikute eksonite koopiaarvumuutuste ning kordusjärjestuste laienemistest põhjustatud haiguste (nt fragiilse X sündroom, Huntingtoni tõbi) kohta. Samuti võib analüüs osutada võimalikele muutustele regulatoorsetes piirkondades, mis asuvad väljaspool eksoneid, kuigi nende täpne tõlgendamine on sageli keeruline.
Kuna uuritakse kõiki geene, on väike võimalus, et leitakse muutusi, mis ei ole seotud analüüsi näidustuseks olnud seisundiga, kuid mis võivad omada olulist mõju patsiendi ja/või pereliikmete tervisele (nt pahaloomuliste kasvajate riski põhjustav geenimuutus). Selliseid leide nimetatakse juhuleidudeks ja need edastatakse raviarstile ainult juhul, kui need esinevad rahvusvaheliselt kokkulepitud juhuleidude nimekirjas, mille on kinnitanud Ameerika Meditsiinigeneetika ja Genoomika Kolleegium (ACMG). ACMG v3.3 nimekiri sisaldab 84 geeni, mille muutusi seostatakse oluliste pärilike terviseriskidega ja mille avaldumist on võimalik jälgimise või raviga vähendada (nt pärilikud vähisündroomid, kardiomüopaatiad, rütmihäired jne). Samuti tuvastab trio-analüüs selle, kui analüüsile suunatud proovi puhul pole tegu lapse bioloogilise isa või emaga.
Eelnevalt kirjeldatud asjaolude tõttu on tingimata vajalik patsiendi vanemate hoolikas uuringueelne nõustamine ja spetsiaalsete nõusolekuvormide allkirjastamine. NB! Kui tehakse trio-analüüs, on vajalik allkirjastada nõusolek mõlema vanema poolt.
Uuritav materjal, selle võtmine, saatmine ja säilitamine
Kui ei ole võimalik teha elektroonset tellimust, tuleb analüüsi tellimisel koos proovimaterjaliga molekulaardiagnostika laborisse saata ka järgnevad dokumendid:
saatekiri – Kogu genoomi sekveneerimine
täidetud kliinilise info leht koos patsiendi geneetilise sugupuuga
Allkirjastatud nõusolek ja ekspertkomisjoni otsus säilitada haigusloos.
Proovinõu
Veri: K2E/K3E-katsuti (lilla kork) Koetükid: steriilne katsuti (1,5 mL või suurem)
Analüüsitav kogus
4–10 mL (täiskasvanud) 2–5 mL (lapsed)
Säilivus
Veri +4 °C üks nädal. NB! Mitte külmutada!
Teiste uuringumaterjalide osas konsulteerida molekulaardiagnostika laboriga, tel. 731 9488 või 731 9487.
Analüüsi tegemise aeg: tööpäeviti, analüüsi valmimisaeg kuni 6 kuud alates laborisse saabumise kuupäevast
Analüüsimeetodid: järgmise põlvkonna sekveneerimistehnoloogia (next generation sequencing – NGS), Illumina
Vastuse vorm
Haiguspõhjusliku muutuse tuvastamisel genotüüp ja interpretatsioon.
Näidustus
Patsiendi sümptomid ja suguvõsa anamnees viitavad geneetilisele haigusele, mille jaoks ei ole olemas spetsiifilist geenitesti ühe kindla geeni või geenide paneeli analüüsiks.
Patsiendi kliiniline pilt vastab geneetilisele haigusele või haigusrühmale, millele on iseloomulik suur geneetiline heterogeensus (kahtlustatud haigus võib olla põhjustatud mitmete või ka mitmekümnete geenide mutatsioonidest)
Patsiendil esineb tõenäoliselt geneetiline haigus, kuid spetsiifiliste geenitestidega ei ole haiguspõhjuslikku mutatsiooni leitud.
Koostajad: Mikk Tooming, Sander Pajusalu, Hanno Roomere, Agnes Kala
To provide the best experiences, we use technologies like cookies to store and/or access device information. Consenting to these technologies will allow us to process data such as browsing behavior or unique IDs on this site. Not consenting or withdrawing consent, may adversely affect certain features and functions.
Functional
Always active
The technical storage or access is strictly necessary for the legitimate purpose of enabling the use of a specific service explicitly requested by the subscriber or user, or for the sole purpose of carrying out the transmission of a communication over an electronic communications network.
Preferences
The technical storage or access is necessary for the legitimate purpose of storing preferences that are not requested by the subscriber or user.
Statistics
The technical storage or access that is used exclusively for statistical purposes.The technical storage or access that is used exclusively for anonymous statistical purposes. Without a subpoena, voluntary compliance on the part of your Internet Service Provider, or additional records from a third party, information stored or retrieved for this purpose alone cannot usually be used to identify you.
Marketing
The technical storage or access is required to create user profiles to send advertising, or to track the user on a website or across several websites for similar marketing purposes.
