Somaatilisi muutuseid tuumorikoest määratakse kasvaja täpsema diagnostika, haiguse prognoosi või sihtmärkravi leidmise eesmärgil. Somaatiliste muutuste määramiseks kasvajakoest kasutatakse järgmise põlvkonna sekveneerimisel (next generation sequencing - NGS) põhinevat paneelanalüüsi Illumina TruSight™ Oncology 500, mis võimaldab samaaegselt analüüsida muutusi 523 geenis DNA tasemel ning 1385 geenis RNA tasemel. Analüüsiga on kaetud geenide kodeeriva ala mutatsioonide määramine ning amplifikatsioonide ja kogu geeni hõlmavate deletsioonide määramine; RNA põhistest muutustest määratakse fusioone ning splaissingu muutuseid. Eelkõige on metoodika mõeldud muutuste määramiseks soliidtuumoritest ning analüüs on disainitud ja optimeeritud formaliinis fikseeritud parafiini sisestatud (FFPE) lõikudest eraldatud DNA või RNA analüüsiks.
TruSight™ Oncology 500 on hetkel kõige suurema geenide arvuga kommertsiaalselt pakutav paneel, mis võimaldab testida somaatilisi muutusi väga erinevates kudedes. Sobivateks kasvajateks on kopsu-, kolorektaal-, rinna-, munasarja- mao-, põiekasvajad, samuti saab analüüsida melanoomi, sarkoomide ja muude haruldaste kasvajate korral. NCCN juhendites toodud testimist vajavate geenide nimekirjade järgi on paneeliga kaetud mitteväikerakulise kopsuvähi, jämesoole kasvaja, pärasoolekasvaja, melanoomi, rinnavähi, neuroendokriinsete kasvajate, emaka ja emakakaela kasvajate, maovähi, pankrease adenokartsinoomi seisukohast kõik olulised markerid.
Uuritavad geenid ja muutused
Võimaldab analüüsida samaaegselt kasvajakoe DNA muutusi 523 geenis ning RNA muutusi 1385 geenis. Täieliku nimekirja analüüsitavatest geenidest leiab peatüki lõpus ning kodulehelt https://www.kliinikum.ee/geneetika.
Lisaks on analüüsiga võimalik määrata mikrosatelliitide ebastabiilsust (MSI) ning kasvajakoe mutatsioonikoormust (TMB). Mikrosatelliitide ebastabiilsus uuritavas koes viitab DNA valepaardumise reparatsioonisüsteemi geenide defektile (mismatch repair – MMRd), mis on seotud erinevate pahaloomuliste kasvajate progressiooniga. Samuti on MSI ning TMB farmakogeneetiliseks markeriks teatud immuunoteraapiate korral (PMID: 31151482). Lisaks võimaldab analüüs määrata homoloogse rekombinatsiooni defitsiitsust (HRD).
Geenipaneeli sekveneerimisega tuvastatakse uuritud geenides punktmutatsioone ja väikseid (kuni 10 aluspaari suuruseid) insertsioone-deletsioone (indeleid). Geenipaneeli sekveneerimisega ei ole võimalik tuvastada kromosomaalseid aberratsioone (suured deletsioonid ja duplikatsioonid, trisoomiad, translokatsioonid), üksikute eksonite deletsioone ja duplikatsioone, kordusjärjestusi ning üldjuhul ka reguleerivate alade muutusi väljaspool eksoneid.
Uuritav materjal, selle võtmine, saatmine ja säilitamine
Uuritavaks materjaliks sobivad FFPE kasvajakoe (algkolle, metastaas, retsidiiv) lõigud. Soovituslik fikseerimise aeg alla 24h. Elektroonses tellimuses on vajalik märkida saatediagnoos, kasvajamaterjali päritolu, histoloogiline kirjeldus. FFPE proovi saatmisel geneetiliseks uuringuks on vajalik, et patoloog hindaks kasvajarakkude sisalduse antud plokis. LUUMATERJALI KORRAL EI SOBI DEKALTSIFITSEERITUD MATERJAL!
Elektroonse tellimise võimaluse puudumisel tuleb koos uuritava materjaliga saata molekulaardiagnostika laborisse ka täidetud pabersaatekiri – Somaatilised muutused tuumorikoest (NGS, FFPE). Saatelehe leiab kodulehelt https://www.kliinikum.ee/geneetika.
Katsuti
Steriilsed 1,5 mL katsutid, 3-5 tk.
Analüüsitav kogus
FFPE koelõigud: 2×3 värskelt lõigatud 10 µm paksust koelõiku, 3 lõiku ühes 1,5 mL katsutis. Kasvajarakke peaks materjalis olema ≥ 10%. HRD analüüsiks vajalik kasvajarakkude hulk > 30%.
Säilivus
FFPE koelõigud: peale parafiinplokist lõikude tegemist 3–5 ööpäeva. Peale lõikude tegemist hoida +4 °C. Laborisse võib saata toatemperatuuril.
Analüüsi tegemise aeg: tööpäeviti, analüüsi valmimisaeg on kuni 6 nädalat.
Analüüsimeetod: järgmise põlvkonna sekveneerimistehnoloogia (next generation sequencing – NGS), Illumina TruSight™ Oncology 500.
Vastuse vorm
Kasvajakoest tuvastatud muutused ja interpretatsioon ning TMB/MSI hinnang. HRD analüüsi tellimisel lisaks HRD hinnang ning interpretatsioon.
Näidustus
Soliidtuumorite somaatiliste muutuste määramine erinevatest paikmetest (kasvajate diagnostika, sihtmärkravi määramine).
Koostajad: Kadri Rekker, Kadri Toome, Mikk Tooming Muudetud 01.08.24
TruSight Oncology 500 kaetud geenid
Muutuste analüüs DNA tasemel – punkt-muutused, indelid ning kogu geeni hõlmavad amplifikatsioonid ja deletsioonid 523 geenist
To provide the best experiences, we use technologies like cookies to store and/or access device information. Consenting to these technologies will allow us to process data such as browsing behavior or unique IDs on this site. Not consenting or withdrawing consent, may adversely affect certain features and functions.
Functional
Always active
The technical storage or access is strictly necessary for the legitimate purpose of enabling the use of a specific service explicitly requested by the subscriber or user, or for the sole purpose of carrying out the transmission of a communication over an electronic communications network.
Preferences
The technical storage or access is necessary for the legitimate purpose of storing preferences that are not requested by the subscriber or user.
Statistics
The technical storage or access that is used exclusively for statistical purposes.The technical storage or access that is used exclusively for anonymous statistical purposes. Without a subpoena, voluntary compliance on the part of your Internet Service Provider, or additional records from a third party, information stored or retrieved for this purpose alone cannot usually be used to identify you.
Marketing
The technical storage or access is required to create user profiles to send advertising, or to track the user on a website or across several websites for similar marketing purposes.
