Kontaktandmed

SA TÜ Kliinikum Ühendlabor Kliinilise geneetika keskus


Tartu: L. Puusepa 2, 50406

Registaratuur/sekretär:

+372 731 9491

Fax:

+372 731 9484


Tsütogeneetika labor:
+372 731 9496


Molekulaardiagnostika labor:

+372 731 9489

 

Ainevahetushaigused/

vastsündinute skriiningu labor

+372 731 9485

Vaata kaarti

 

Tallinn: Hariduse 6, 10119

Registratuur:

+372 731 9170

Fax:

+372 6140 068

Arstide tuba:

+372 731 9172

Labor:

+372 731 9173

Mobiil:

+372 53319174

Vaata kaarti

Stereomikroskoobiga203Kromosoome saame uurida ainult paljunevates (mitootilistes) rakkudes, kus kromosoomid on maksimaalselt kokkupakitud ja valgusmikroskoobis nähtavad. Seetõttu on vajalik, et uuringuks võetud materjalis olevad rakud hakkaksid paljunema ja jaguneksid niikaua kuni on tekkinud piisav hulk mitootilisi rakke. Erinevate kudede puhul on rakkude kasvatamiseks kuluv aeg erinev. Nii võib kuluda selleks 2-14 päeva (veenivere korral 3 päeva, lootevee rakkude korral 12 päeva jne). Seejärel tehakse rakukultuurist mitmesuguste laboratoorsete protseduuride vahendusel kromosoomipreparaadid.

 

G-vöödistus ehk G-banding

Tolmune202Et kromosoomid oleksid valgusmikroskoobis nähtavad (suurendus 1000x), on nad vaja värvida. Preparaate värvitakse spetsiaalmeetodil nii, et kromosoomid muutuvad vöödilisteks. Meetodeid on mitmeid, kuid kõige sagedamini kasutatakse G-vöödistust. Edasine analüüs toimub mikroskoobi abil. Loetakse üle vähemalt kümne raku kromosoomide arv ja analüüsitakse iga kromosoomi muster vöötide kaupa. Hindamine toimub rahvusvahelise tsütogeneetika nomenklatuuri järgi (ISCN 2016). Nende normide järgi süstematiseeritud kromosoomide kogumit nimetatakse karüotüübiks. Enamus tööst toimub küll mikroskoobis, kuid analüüsil on abiks ka spetsiaalsed arvutiprogrammid, mida kasutatakse hindamise hõlbustamiseks ja dokumenteerimiseks. 
G-vöödistus on praegu peamine meetod, mida tsütogeneetilisel analüüsil kasutatakse. See võimaldab täpselt identifitseerida iga kromosoomi ja üles leida kromosoomide nähtavad struktuurimuutused. Mida pikemad on kromosoomid, seda rohkem vööte neile värvimisel peale tuleb. Rahvusvaheliselt aktsepteeritud tase on 400-550 vööti karüotüübi kohta, mille puhul on võimalik diagnoosida muutusi, mis on suuremad kui 5Mb (5 miljonit DNA aluspaari). Väiksemaid muutusi tavalise tsütogeneetilise analüüsiga tuvastada pole võimalik. Samuti pole G-vöödistusega võimalik identifitseerida väikesi lisakromosoome, millele G-vöödistuse mustrit peale ei teki ning muutusi selliste kromosoomiosade vahel, millel on sarnane vöödistuse muster.

 

 

46XX karuotuup XY

 

FISH analüüs

FISH analüüsi abil on võimalik kromosoomidel nähtavaks teha palju väiksemaid muutusi, kui G-vöödistusega. Kasutatakse väikesi DNA molekule (100 kb e 100 000 aluspaari pikad), mis on fluorestseeruva märgisega seotud ning mis kromosoomipreparaadi töötlemise käigus seostuvad ainult kindla kromosoomipiirkonnaga. Järgneval analüüsil fluorestsentsmikroskoobis tuvastatakse kromosoomil värviline signaal vaid juhul, kui see piirkond on kromosoomis olemas. Kui on tegemist uuritava piirkonna deletsiooniga, siis signaali ei ole. Tavaliselt kasutatakse ühes analüüsis mitut eri värvi märgisega seotud DNA molekuli, millest üks (nn kontrollproov) aitab uuritavat kromosoomi identifitseerida.

FISHFISH-analüüs leiab täiendava uuringuna kasutamist traditsioonilise G-vöödistuse kõrval kui patsiendi kliinilised tunnused viitavad kindla kromosoomipiirkonna defektile, kuid defekt on nii väike, et pole valgusmikroskoobis nähtav – nn. mikrodeletsioon või mikroduplikatsioon. Samuti on FISH-meetodiga võimalik paremini identifitseerida väikesi markerkromosoome ning täpsustada murrukohti kromosoomide translokatsiooni korral. Seda muidugi juhul, kui on olemas vastavad märgistatud DNA-molekulid.


FISH-meetodiga saab uuringut teha nii metafaasi kromosoomidel kui ka interfaasis olevate rakkude tuumadel, sest värvilise signaaliga molekulid seostuvad ka lahtipakitud DNA-le. Sellisel juhul muidugi ei näe, millises kromosoomis just uuritav piirkond paikneb, küll aga saab teada nende piirkondade arvu rakus. Meetodit kasutatakse sünnieelses diagnostikas, kui on kahtlus sagedasemate arvuliste kromosoomihaiguste (13., 18., 21., X, Y) esinemise osas ning on infot kiiresti vaja. Vastuse saab ligikaudu 48 tunni pärast. Kuid tuleb arvestada, et interfaasi FISH analüüs ei anna informatsiooni kogu karüotüübi kohta vaid ainult selle piirkonna arvu kohta, mille DNA-proov kasutusel oli. Seetõttu järgneb tavaliselt interfaasi FISH uuringule kogu karüotüübi analüüs kultiveeritud amnionirakkudel.
FISH-analüüsi kasutatakse ka kromosoomiaberratsioonide tuvastamiseks luuüdi biopsia materjalil. Analüüsitakse leukeemia ja lümfoomispetsiifiliste muutuste esinemist, mis aitab arstidel täpsustada kasvaja tüüpi, valida õiget ravitaktikat, hinnata ravi efektiivsust ning anda täpsemat prognoosi.