Kontaktandmed

SA TÜ Kliinikum geneetika ja personaalmeditsiini kliinik

E-posti aadress:

geneetikainfo@kliinikum.ee

Tartu:

L. Puusepa 2, 50406

Vaata kaarti / Kuidas tulla

Registaratuur/sekretär:

+372 731 9491

  

Tallinn:

Hariduse 6, 10119

Vaata kaarti / Kuidas tulla

Registratuur/sekretär:

+372 731 9170

+372 53319174

 

Laborid: 

Molekulaardiagnostika labor:

+372 731 9487

+372 731 9488

Tsütogeneetika labor Tartus:

+372 731 9496

Ainevahetushaigused/

vastsündinute sõeluuringu labor:

+372 731 9485

Geneetika labor Tallinnas:

+372 731 9173

Osa kasvajaid esinevad sagedamini perekondades ja lähisugulastel ning nende varajase avastamise ja seega ka paremate ravitulemuste huvides on oluline hinnata võimalikult täpselt haigestumisriski. Sellistest kasvajatest on sagedasemad pärilik rinna- ja munasarjavähk ning pärilik mittepolüpoosne jämesoolevähk. Pärilikud vormid moodustavad mõlema paikme kasvajatest umbes 5-10% ning nende tekke eelsoodumust hindab vastava onkogeneetika spetsialist perekonnaanamneesi ning vajadusel tehtavate geenitestide tulemuste alusel. Praegusel ajal võimalik teha uuringuid paljude kasvajate päriliku riski uurimiseks. 

 

Pärilik rinna- ja munasarjavähk 

Umbes 10% rinna- ja munasarjavähi juhtudest on põhjustatud pärilikult edasikanduva geenimutatsiooni poolt. Seda nimetatakse pärilikuks ehk perekondlikuks rinna- ja/või munasarjavähiks. Haigust põhjustavad muutused nn. rinnavähi geenides (BRCA1, BRCA2, CHEK2).
Antud haigus esineb suurema tõenäosusega perekondades, kus on teada mitmeid rinna- ja/või munasarjavähi juhte, või kui haigus on avaldunud varajases eas (enne 45.-50. eluaastat). Päriliku vähiga on tihti tegemist ka juhul, kui perekonnas on rinnavähk esinenud meestel; samuti juhtudel, kui vähkkasvaja tekib mõlemas rinnas.
Geneetikakeskuses toimuva konsultatsiooni käigus uuritakse ja nõustatakse patsiente järgmiselt:

  • Koostatakse põhjalik sugupuu arvestades pahaloomulisete haiguste esinemist
  • Arvutatakse välja risk haigestuda rinna- ja munasarjavähki
  • Teostatakse vastavad geeniuuringud 
  • Geenimutatsiooni olemasolul antakse soovitused edasiseks jälgimiseks ja uuringuteks ning tehakse kindlaks pereliikmed, kes võivad olla sama mutatsiooni kandjad
  • Geneetiku konsultatsiooni otsus on nähtav digiloos.

Kuna vastavat geenimutatsiooni kandvate inimeste jälgimine erineb tavaelanikonnast, siis on päriliku rinna- ja munasarjavähi diagnoosimine väga oluline informatsioon nii patsiendile endale kui ka kõikidele teda ravivatele arstidele.

pdf Päriliku rinna- ja munasarjavähiga patsientide geneetilise konsulteerimise ja jälgimise juhend

*          *          *

Illumina uue põlvkonna sekveneerimisel põhinev TruSight Hereditary Cancer paneeli pärilike vähisündroomidega seotud geeni info koos selgitustega on leitav lehel>>> Molekulaardiagnostika tellimislehed

*          *          *

 

Somaatilised muutused tuumorikoest (NGS, FFPE)

Somaatiliste muutuste määramiseks tuumorikoest kasutatakse järgmise põlvkonna sekveneerimisel (next generation sequencing-NGS) põhinevat paneelanalüüsi, mis võimaldab analüüsida samaaegselt muutusi 523 geenis DNA tasemel ning 55 geenis RNA tasemel. Kasutatakse Illumina® TruSight™ Oncology 500 (TSOnco 500 - Illumina®)  geenipaneeli, millega on võimalik detekteerida väikeseid ühenukleotiidivariante, insertsioone, deletsioone, splaiss-saidi variante, geeni fusioone ning immunoteraapia jaoks spetsiifilisi geenilookuseid. Eelkõige on TSOnco 500 mõeldud soliidtuumorite diagnostikaks ning on disainitud ja optimiseeritud eeskätt muutuste määramiseks paraffiinploki lõikudest (FFPE) eraldatud DNAst või RNAst. Esmaselt eraldatakse DNA ja RNA erinevatest FFPE lõikudest, kuid edasine töövoog toimub DNA ja RNA analüüsimisel üheaegselt. 

 

TSOnco 500 geenipaneel on hetkel kõige suurema geenide arvuga kommertsiaalselt pakutav paneel, millel olevad geenid võimaldavad testida somaatilisi muutusi väga erinevates kudedes. Tootjapoolselt on sobivateks kasvajateks kopsu-, kolorektaal-, rinna-, munasarja- mao-, põiekasvajad, samuti võiks seda kasutada melanoomi, sarkoomide ja ka müeloidsete kasvajate korral (https://www.illumina.com/products/by-type/clinical-research-products/trusight-oncology-500.html). NCCN juhendites toodud testimist vajavate geenide nimekirjade järgi on ligikaudu 100% geenide katvus tagatud järgmiste kasvajate korral: mitte-väike rakuline kopsuvähk, jämesoole kasvaja, pärasoolekasvaja, melanoom, rinnavähk, neuroendokriinsed kasvajad, emaka ja emakakaela kasvajad, maovähk, pankrease adenokartsinoom (Massard et al 2017). Tootja info geenide nimekiri on kättesaadav antud peatüki lõpus ning ka TÜK Kliinilise geneetika keskuse kodulehel molekulaardiagnostika viide.

 

Lisaks on võimalik antud paneeliga määrata ka mikrosatelliitide ebastabiilsust ning kasvajakoe mutatsioonikoormust. Mikrosatelliitide ebastabiilsus uuritavas koes viitab MMR süsteemi geenidefektidele (DNA vigadeparandus geenid), mis on seotud erinevate pahaloomuliste kasvajate progressiooniga. Samuti on MSI farmakogeneetiliseks markeriks teatud immuunoteraapiate korral (PMID: 31151482). Kasvajakoe mutatsioonikoormuse ühik on mutatsioonide arv ühe megabaasi DNA kohta. Kasvaja mutatsioonikoormust hinnatakse kategooriates „TMB-kõrge“, „TMB-keskmine“, „TMB-madal“ ja „TMB-määramatu“. TMB-kõrge vastab 20 või enamale mutatsioonile Mb kohta (Mut/Mb); TMB-keskmine vastab 6-19 Mut/Mb; TMB-madal on võrdne või vähem kui 5 Mut/Mb. „TMB-määramatu“ antakse vastuseks juhul, kui proovi kvaliteet ei ole piisavalt hea, et tulemust üheselt määrata.

 

Uuritav materjal, selle võtmine, saatmine ja säilitamine

Uuritavaks materjaliks sobib formaliinis fikseeritud parafiini sisestatud kasvajakude või metastaas. Soovituslik fikseerimise aeg alla 24h. Saatekirjale elektroonses tellimuses on vajalik märkida saatediagnoos, kasvajamaterjali päritolu, histoloogiline kirjeldus. FFPE proovi saatmisel geneetiliseks uuringuks on vajalik, et patoloog hindaks kasvajarakkude sisalduse antud plokis.

 

Tellimisleht koos geenide nimekirjaga on leitav lehel>>> Molekulaardiagnostika tellimislehed