Tartu Ülikooli Kliinikumi keskkonnaosakonna ülesanneteks on kliinikumisisese jäätmekäitluse korraldamine, keskkonnaalase järelvalve teostamine, keskkonnakaitsealaste küsimuste lahendamine.
 
Tartu Ülikooli Kliinikum koostöös Taani Keskkonnaagentuuri ja Keskkonnainvesteeringute Keskusega avas 2003. aastal pilootprojektina esimesena omataoliste seas, nii Ida-Euroopas kui Põhja-Euroopas, erikäitlust vajavate meditsiiniliste jäätmete käitluskeskuse, mis kuulub keskkonnaosakonna haldusalasse. 
 
2015. aastal koostöös Keskkonnainvesteeringute Keskusega soetas Tartu Ülikooli Kliinikum kaasaegsema ja võimsama jäätmeautoklaavi. Uue jäätmeautoklaavi kogu töötsükkel toimib kinnises anumas ning tänu oma mõõtmetele, saab uue jäätmeautoklaaviga nõuetekohaselt töödelda ka tervishoius tekkivaid neljanda ohukategooria jäätmeid.
 
Tartu Ülikooli Kliinikumil on olemas vajalikud keskkonnaload ning ohtlike jäätmete käitluslitsents, mille alusel pakub Tartu Ülikooli Kliinikum erikäitlust vajavate meditsiiniliste jäätmete käitlemise teenust ka teistele asutustele.
 
Tartu Ülikooli Kliinikum on Eesti Ringmajandusettevõtete Liidu ja Eesti Keskkonnajuhtimise Assotsiatsiooni liige.