Kontaktandmed

SA TÜ Kliinikum Ühendlabor Kliinilise geneetika keskus


Tartu: L. Puusepa 2, 50406

Registaratuur/sekretär:

+372 731 9491

Fax:

+372 731 9484


Tsütogeneetika labor:
+372 731 9496


Molekulaardiagnostika labor:

+372 731 9489

 

Ainevahetushaigused/

vastsündinute skriiningu labor

+372 731 9485

Vaata kaarti

 

Tallinn: Hariduse 6, 10119

Registratuur:

+372 731 9170

Fax:

+372 6140 068

Arstide tuba:

+372 731 9172

Labor:

+372 731 9173

Mobiil:

+372 53319174

Vaata kaarti

FISH analüüsi abil on võimalik kromosoomidel nähtavaks teha palju väiksemaid muutusi, kui G-vöödistusega. Kasutatakse väikesi DNA molekule (enamasti 100 – 600 kb e 100 000 – 600 000 aluspaari), mis on fluorestseeruva märgisega seotud ning mis kromosoomipreparaadi töötlemise käigus seostuvad ainult kindla kromosoomipiirkonnaga. Järgneval analüüsil fluorestsentsmikroskoobis tuvastatakse kromosoomil värviline signaal vaid juhul, kui see piirkond on kromosoomis olemas. FISH-meetodiga saab uuringut teha nii metafaasi kromosoomidel kui ka interfaasis olevate rakkude tuumadel, sest värvilise signaaliga molekulid seostuvad ka lahtipakitud DNA-le. Sellisel juhul ei näe, millises kromosoomis just uuritav piirkond paikneb, küll aga saab teada vastavate piirkondade arvu rakus. Kui on tegemist uuritava piirkonna deletsiooniga, siis signaali ei ole. Tavaliselt kasutatakse ühes analüüsis mitut eri värvi märgisega seotud DNA molekuli.

 

 

 

FISH-analüüs leiab täiendava uuringuna kasutamist:

 

A.- traditsioonilise G-vöödistuse kõrval kui patsiendi kliinilised tunnused viitavad kindla kromosoomipiirkonna defektile, kuid muutus on nii väike, et pole valgusmikroskoobis nähtav – nn. mikrodeletsioon või mikroduplikatsioon.

 

     Sagedasemad mikrodeletsioonihaigused, mida meil on võimalik määrata:

  • DiGeorge ja Phelan-McDermid sündroomid - TUPLE1 (22q11.2), SHANK3 (22q13.3)
  • Prader-Willi ja Angelmani sündroomid - SNRPN (15q11-13)
  • Smith-Magenise ja Miller-Diekeri sündroomid - RAI1(17p11.2)/FLI1(17p13.3)
  • Williams-Beureni sündroom - ELN (7q11.23)
  • 1p36 mikrodeletsioonisündroom
  • SHOX (Xp22)
  • Neurofibromatoos - NF1 (17q11.2)
  • CHARGE sündroom - CHD7 (8q12.1)
  • Alagille sündroom - JAG1 (20p12)
  • Langer-Giedion sündroom - TRPS1 (8q23.3)/EXT1 (8q24.1)
  • Kallmanni ja steroidsulfataasi defitsiitsuse sündroomid - STS, KAL (Xp22.3)
  • Wolf-Hirschhorni sündroom - LETM1, WHSC1, MSX1 (4p16.3)
  • X inaktivatsioon - XIST (Xq13.2)
  • Sotose sündroom - NSD1(5q35), hTERT(5p15)
  • Cri-Du Chat sündroom - CTNND (5p15.2)
  • DiGeorge II sündroom - (10p14)
  • SRY (Yp11.2)
  • X/Y aneuploidsus
  • Kromosoomide lühikese ja pika õla subtelomeersed või tsentromeersed proovid

 

B. -vajadus identifitseerida väikesi markerkromosoome ning täpsustada murrukohti kromosoomide translokatsiooni korral, kui on olemas vastavad märgistatud DNA-molekulid.

 

C. -sünnieelses diagnostikas, kui on kahtlus sagedasemate arvuliste kromosoomihaiguste (13., 18., 21., X, Y) esinemise osas ning on infot kiiresti vaja. Vastuse saab ligikaudu 48 tunni pärast. Interfaasi FISH analüüs ei anna informatsiooni kogu karüotüübi kohta vaid ainult selle piirkonna koopiaarvu kohta, mille DNA-proov kasutusel oli. Sünnieelses diagnostikas järgneb tavaliselt interfaasi FISH uuringule kogu karüotüübi analüüs kultiveeritud amnioni- või koorionirakkudel.

 

D. -FISH-analüüsi kasutatakse ka kromosoomiaberratsioonide tuvastamiseks luuüdi biopsia materjalil. Analüüsitakse leukeemia ja lümfoomispetsiifiliste muutuste esinemist, mis aitab arstidel täpsustada kasvaja tüüpi, valida õiget ravitaktikat, hinnata ravi efektiivsust ning anda täpsemat prognoosi.

                                                                    21. kromosoomi amplifikatsioon luuüdi rakkudes

 

Hetkel on võimalik määrata järgmisi hematoloogiliste kasvajatega seotud kromosoomimuutuseid:

  • del(17p13) TP53
  • del(13q14) DLEU1/13qter
  • 12q13 GLI1 trisoomia 12
  • del(11q22) ATM
  • del 5q(q31,q33)
  • del 7q(q22,q36)
  • t(9;22) BCR/ABL
  • 11q23 KMT2A muutused
  • t(12;21) ETV6/RUNX1
  • dic(9;20)
  • t(1;19) TCF3/PBX1
  • t(8;14) MYC/IGH
  • t(14;18) BCL2/IGH
  • 16q22 CBFB muutused
  • del(4q12) FIP1L1-PDGFRA
  • t(8;21) RUNX1/RUNX1T1
  • t(11;14) CCND1/IGH
  • t(4;14) FGFR3/IGH
  • t(14;16) MAF/IGH
  • t(14;20) MAFB/IGH
  • ampl(1q21.3)CKS1B/del(1p32.3)CDKN2C
  • 5q33 (PDGFRB) muutused
  • 8p12 (FGFR1) muutused
  • 12p13 (ETV6) Break
  • X/Y aneuploidsus
  • del(9p21.3) CDKN2A/CDKN2B(CEN9)
  • 14q32 (IGH) break
  • 8q24 (MYC) break
  • 5p15.2/CEP 9/CEP 15 trisoomia 5/9/15

See nimekiri ei ole lõplik. Kui on vajadus FISH proovi järele, mida hetkel nimekirjas ei ole, siis võib pöörduda labori poole tel. 7319496.

 

E. -Mitmesuguste erinevate kasvajaliste protsesside puhul on kromosoomide struktuuri- ja arvuanomaaliate esinemisel rakkudes nii diagnostiline kui prognostiline tähendus. FISH analüüsi (fluorescence in situ hybridisation, s.o kindla kromosoomipiirkonna uurimine fluorestsentsmärgise abil) võimaldab tuvastada deletsioone, translokatsioone, amplifikatsioone jt muutusi kasvajakoe rakutuumadel. FISH analüüsi on võimalik teostada ka patoloogiliste koelõikude preparaatidel, külmutatud koest tehtud preparaatidel või värske koe puuteprepaatidel. Iga analüüsi jaoks on tarvis kindlat, otsitava muutuse põhist DNA proov.

 

Hetkel on tsütogeneetika laboris võimalus määrata järgmisi spetsiifilisi kasvajatega seotud kromosoomiaberratsioone:

 

  • Her2 amplifikatsioon- HER2/neu geeni amplifikatsioon on geneetiline muutus 17. kromosoomis   (17q12), mille tulemuseks on HER2/neu geeni üleekspressioon. HER2/neu geeni üleekspressioon esineb ~20% rinnavähi juhtudest ja on seotud halva prognoosiga. Amplifikatsiooni  olemasolu/puudumist hinnatakse HER2/neu ja 17. kromosoomi tsentromeeri märkivate signaalide suhte kaudu (HER2/neu ja cep 17). Olulisim aspekt HER2/neu staatuse hindamisel on selle roll ravi määramisel. Viimasel ajal on aktuaalne HER2/neu määramine maovähi puhul, kuid HER2/neu geeni amplifikatsiooni esineb ka kopsu-, jämesoole- ja munasarja kartsinoomides.
  • ALK geeni struktuurimuutused- ALK geeni lookuses kromosoomiregioonis 2p23 tekkinud struktuurimuutused on seotud mitteväikserakulise kopsuvähi tekke ja arenguga. Muutuste käigus tekkinud uued liitvalgud võivad muuta rakkude jagunemise kontrollmehhanisme. FISH analüüsil on võimalik tuvastada ALK geeni regiooniga seotud struktuurseid ja arvulisi muutuseid ja seeläbi selekteerida selliseid patsiente, kes vajaksid spetsiifilist ravi türosiinkinaasi inhibiitoriga.
  • MYC/IGH translokatsiooni määramine- MYC/IGH translokatsioon, t(8;14)(q24;q32), on muutus, mis esineb ligikaudu 85%-l Burkitti lümfoomidest ja umbes 5%-l ägeda lümfoblastse leukeemia juhtudest. Tekkinud translokatsiooni tagajärjel tekib MYC-onkogeeni üleproduktsioon, mis viib kontrollimatu rakkude jagunemiseni ja on iseloomulik kasvaja agressiivsetele vormidele. FISH analüüs võimaldab määrata translokatsiooni esinemist otse kasvajakoe rakkudes ja on prognostiliseks markeriks kasvaja arengus.
  • Sünoviaalsarkoom, t(X;18)- SYT/SSX translokatsioon, t(X;18)(p11.2;q11.2), on spetsiifiline muutus sünoviaalsarkoomide korral. FISH analüüsi antud translokatsiooni määramiseks kasvajakoe rakkudes kasutatakse sünoviaalsarkoomi kahtluse korral diagnostikaks ja prognoosi määramiseks.
  • Ewingi sarkoomiga seotud kromosoomimuutused- Ewingi sarkoom on luukoe pahaloomuline kasvaja, mida iseloomustab kiire ja naaberkudesid haarav areng. Ligikaudu 90% Ewingi sarkoomidest on seotud translokatsiooniga t(11;22)(q24;q12), mis läbib EWSR1 geeni lookust. Võimalikud on ka translokatsioonid teiste kromosoomidega. Seetõttu otsitakse kasvajakoes EWSR1 geeni lookust läbivat murdu.
  • IGH/BCL2 translokatsiooni määramine- Follikulaarne lümfoom on aeglase arenguga mitte-Hodgkini lümfoomi vorm, mida iseloomustab IGH/BCL2 t(14;18) esinemine. BCL2 on antiapoptootiline valk, mida IGH/BCL2 translokatsiooni tulemusel hakatakse tootma ülehulgas ja seetõttu väljub rakkude normaalne elutsükkel kontrolli alt. IGH/BCL2 translokatsiooni määramist kasutatakse diagnostilise markerina.
  • 1p/19q kodeletsioon- Oligodendroglioom on üks primaarsete ajukasvajate tüüpidest, mille patogeneesi aluseks on translokatsiooni ja deletsiooni tagajärjel tekkinud 1. kromosoomi lühikese õla (1p) ja 19. kromosoomi pika õla (19q) puudumine. Sellise muutuse bioloogiline mehhanism on veel ebaselge.1p/19q kodeletsiooni määramine omab nii diagnostilist kui ka prognostilist tähendust oligodendroglioomide käsitlemisel.